水利部党组始终把扶贫开发工作作为一项重要政治任务，摆在水利工作的突出位置。早在上世纪八十年代中期，水利部就积极参与扶贫开发工作，对口支援三峡库区，是10个最先加入扶贫开发的中央国家机关单位之一。"八七"扶贫攻坚期间定点扶贫原四川省涪陵、万州两个地区的13个国家扶贫开发重点县，帮助他们实现了整体脱贫。进入21世纪，水利部继续对重庆城口、巫溪、云阳、丰都、武隆、开县和湖北房县等七个国家扶贫开发工作重点县开展定点扶贫。此外，还选择贵州省铜仁、毕节两个贫困地区开展水利扶贫试点，这两个地级行政区分别位于14个集中连片特困地区中的武陵山区和乌蒙山区，均属于新阶段扶贫开发的主战场。经过不懈努力，水利部逐步形成了定点扶贫、试点扶贫和行业扶贫"三位一体"的水利扶贫格局，圆满完成了《中国农村扶贫开发纲要（2001－2010年）》确定的各项水利建设任务。据统计，累计安排贫困地区中央水利投资870多亿元，在农村饮水安全、病险水库除险加固、灌区节水改造、重点水源工程建设、水电新农村电气化县建设等水利专项规划中，对贫困地区予以重点倾斜，解决了7900多万农村人口的饮水安全问题，完成了4000多座病险水库除险加固任务，新增和改善灌溉面积3880多万亩，新增供水能力29亿立方米，农村水电新增装机1120万千瓦，惠及人口990多万人。选派近180名政治素质高、工作能力强的干部到贫困地区挂职，组织300多名基层水利业务骨干到部机关和直属单位交流；面向贫困地区举办26期农村供水、水利建设、水利管理等方面的培训班；水利部机关和直属的37个司局、单位与贫困地区签署帮扶协议，建立对口扶贫帮扶机制，开展"一对一"结对帮扶，捐款捐物660多万元，资助贫困学生1000多名；积极向贫困地区送科技、送知识、送温暖，受到普遍欢迎。水利扶贫开发为贫困地区经济社会发展和群众脱贫致富提供了有力的水利支撑和保障，受到各级党委、政府的充分肯定和贫困地区干部群众的一致好评。

部扶贫办作为部领导扶贫领导小组是日常办事机构，设在水利部水库移民开发局。多年来，积极做好组织、指导、协调、督促、检查等工作，在各业务司局的大力支持和配合下，做了大量工作，取得了显著成效，多次受到国务院扶贫办的表彰。